最近、ファイルをきちんと整理整頓したいので、この質問を自分に問いかけています。今のところ、PDFを管理する方法はいくつかあります。iBooks、iCloud Drive、Apple Notesなどです。でも、どれが一番良いのでしょうか?
iCloudドライブ
まず最初に言っておきたいのは、今のところiCloud Driveがおそらく最良の方法だということです。私の設定のように、PDFのカテゴリごとにフォルダを作成するのは簡単です。PDFは「ガイド」「個人」「ホワイトペーパー」「スキャン」「その他」の6つのフォルダに整理しています。
[ iOS 11: ウェブページをPDFとして保存し、ファイルアプリに保存する方法]
Finderに保存されているので、Automatorを使ってPDFファイルの名前を一括変更するなどの操作を実行できます。また、Filesアプリを使えばiOSから簡単にアクセスできます。

iBooks
さて、 iBooksでPDFを管理したいのですが、今のところiBooksで可能です。しかし、iOS上のiBooksのPDF処理方法が気に入りません。例えば、PDFをiBooksから移動したい場合 、共有ボタンをタップしても印刷とメール送信の2つの選択肢しかありません。なぜAppleが共有シート全体にアクセスできないのか理解に苦しみます。本当に腹立たしいです。
同時に、iBooksでPDFファイルを管理するのは少し難しいかもしれません。必要なPDFファイルを見つけるには、検索する必要があります。ほとんどのPDFファイルには電子書籍のような表紙がなく、テキストページのみで構成されているためです。そのため、スクロールして一目でPDFファイルを見つけるのは容易ではありません。タイトルも非表示になっています。
アップルノート
iOS 11では、メモアプリで書類をスキャンしてPDFとして保存できるようになりました。しかし、PDFファイルのファイルサイズは徐々に大きくなり、新しいAppleデバイスにメモをダウンロードする場合、すべてのPDFをダウンロードするのに時間がかかることがあります。
[ iOS 11: Apple Notes でドキュメントをスキャンする方法]

一方、iBooksでは、必要な時にだけPDFを1つずつダウンロードできます。macOSにストレージ最適化機能が追加されたので、iCloud Driveを使えば似たようなことができます。しかし、私のMacは最適化されたフォルダを勝手にダウンロードしてしまい、帯域幅を無駄に消費してしまいます。